妙蓮寺駅は地上駅で、菊名駅方は高架式・白楽駅方は地上式です。
改札口は上下ホームに正面口と東口とがあり、改札内は地下通路でも連絡しているので、反対側の改札口から入ってもそれぞれのホームに行き来できるようになっています。
駅の西側には南北約130mにわたって続く妙蓮寺駅前商店街（通商妙蓮寺ニコニコ会）があり、買い物に便利です。
駅前の道路（旧・綱島街道）は一方通行の狭い道なので、バスターミナルや駅前広場はない為、路線バスは駅前まで来ることができません。
駅徒歩圏内の周辺環境には港北警察署、横浜市立図書館などの公共施設、郵便局は横浜妙蓮寺郵便局、教育施設は横浜市立港北小学校、武相中学校、武相高等学校などが存在します。
妙蓮寺駅から白楽駅までの徒歩圏内の住所は菊名、仲手原、白幡町、篠原台町、白幡向町、白幡上町、妙蓮寺駅から菊名駅までの徒歩圏内の住所は篠原町、篠原東、篠原北、松見町、富士塚、菊名、錦が丘です。
妙蓮寺への出店は居抜き本舗にお任せください。
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